Peruanische Fischer gaben diesem Phänomen seinen Namen. El Niño ist spanisch und bedeutet Knabe oder, wie in diesem Fall, Christkind, da das Abflauen der Passatwinde in der Regel zur dortigen Weihnachtszeit einsetzt. La Niña heißt Mädchen und symbolisiert das gegenteilige Wettergeschehen.
Dieses interessante aber durchaus gefürchtete Naturereignis tritt im Schnitt alle drei bis vier Jahre in den äquatornahen Küstenregionen des Pazifiks auf. Passatwinde treiben normalerweise das warme Oberflächenwasser des Pazifiks von Osten nach Westen Richtung Australien, Indonesien und anderen Südostasiengebieten.
Gleichzeitig wird das kältere Wasser aus der Tiefe in die entgegengesetzte Richtung gedrückt und steigt in den Küstenregionen Süd- und Latein-Amerikas auf, und versorgt mit seinem mitgeführten Fischreichtum den Fischereibetrieb und somit die dort lebenden Menschen. Das Klima ist dort trocken, auf der anderen Pazifikseite hingegen regnerisch und feucht, zumindest in den Küstenregionen.
Das El Niño-Phänomen stellt jedoch alles auf den Kopf. Dann lässt der Passat nach oder ändert sogar komplett seine Windrichtung. Die Wolken, die die Niederschläge eigentlich an die asiatischen und australischen Ostküsten bringen treiben nun in die entgegengesetzte Richtung und regnen über den sonst trockenen Westküsten des amerikanischen Kontinents ab. Dadurch kommt es dort zu gewaltigen Überschwemmungen, da der Boden die Wassermassen nicht aufnehmen kann, Erdrutsche und Überflutungen der Städte und Landschaften, vor allem in den Ländern westlich der Anden, über Latein-(Mittel-)Amerika bis hin nach Kalifornien sind die Folgen. Die anderen Pazifikländer hingegen haben nun mit der Trockenheit zu kämpfen. Selbst in Großstädten müssen die knappen Wassermengen rationiert werden. Diese Trockenheit greift neben Australien und Süd-Ost-Asien auch in den Süd-Osten Afrikas über.
Sowohl die überfluteten Länder als auch die, die mit der Trockenheit zu kämpfen haben, müssen neben der Wirtschaftskrise auch noch mit erhöhter Krankheits- und Seuchengefahr kämpfen. Diese extreme Klimaveränderung in den betroffenen Ländern dauert jeweils ca. ein Jahr(!) lang, und ist nicht zu beeinflussen. Auch die Tierwelt ist von El Niño betroffen. Besonders Seevögel und Robben, die auf den Humboldtstrom, der vor der peruanischen und ecuadorianischen Küste fließt und das kühle und fischreiche Wasser mit sich führt, angewiesen sind, sterben zu einem Großteil.
Nach jedem Abklingen eines El Niño folgt das genaue Gegenteil: La Niña. Dann sind die idealen Wetterumstände für die vom El Niño betroffenen Regionen gegeben und besonders stark ausgeprägt, der Humboldtstrom führt wieder kaltes und somit fischreiches Wasser mit sich, die Überschwemmungen sowie die Trockenzeit enden. Früher wurden dort die Klimaverhältnisse so im Gleichgewicht gehalten. Doch in den letzten Jahren konnte La Niña nicht mehr die zum perfekten Klimaausgleich benötigten Verhältnisse erzielen, die in den El Niño geschädigten Ländern gebraucht werden. Woran das genau liegt, ist im Moment noch nicht geklärt, ebenso die Frage, wie sich ein El Niño weltweit auswirkt.